打错工资超过3年的处理方式和赔偿问题取决于具体情况，以下是根据不同情况的分析：

1. 诉讼时效：根据《民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。若未在时效内提起诉讼，可能丧失胜诉权。例如，工资打错后超过三年未主张权利，即使对方账户恢复正常，也可能因时效已过无法通过法律途径追回。

2. 用人单位追回多发工资：如果工资是多发给员工的，用人单位有权要求返还。但需考虑是否超过诉讼时效（一般为三年），若三年内用人单位未主张权利，可能丧失胜诉权。若员工已经离职，且三年内用人单位未发现错发工资，主张返还的难度较大，需结合具体情况判断是否具有追索权。

3. 员工追回少发或漏发工资：如果工资是少发或漏发的，员工有权要求补发。同样需注意是否超过一年的劳动争议仲裁时效，若员工在知道或应当知道权利被侵害之日起一年内未主张，也可能面临败诉风险。

4. 双方对工资金额存在争议：如果双方对工资金额存在争议，且无法协商一致，可以通过劳动仲裁或民事诉讼途径解决。

5. 用人单位主动承认错误并愿意更正：如果用人单位在错发工资后主动承认错误并愿意更正，可直接协商处理，无需走法律程序。

综上所述，打错工资超过3年的赔偿问题需要结合具体情况判断，包括是否超过诉讼时效、双方是否愿意协商解决、是否存在证据支持主张等因素。建议在发现工资异常后及时收集证据并咨询专业律师，以维护自身合法权益。